Hoe een dier eruit ziet vertelt wel veel, maar lang niet alles over de nakomelingen die het zal voortbrengen. Sommige kenmerken, zoals haarkleur en aftekening, worden voor een groot deel door de genen bepaald, andere kenmerken zijn afhankelijk van het milieu waarin een dier verkeert. Elk dier is het ‘’resultaat’’ van erfelijke factoren en omgeving. Erfelijke aanleg en milieu bepalen samen het fenotype en ook het resultaat van fokkerij. Dat kan voor iedere eigenschap in verschillende mate het geval zijn.
De leefomgeving van een dier wordt bepaald door het klimaat, de huisvesting, het voer en ziekteverwekkers. En, zeker niet onbelangrijk, de deskundigheid van de fokker of de houder die op al deze factoren invloed heeft. Kan een dier buiten lopen of moet het binnen blijven? Wat krijgt het dier te eten en tegen welke ziekten wordt het gevaccineerd? Het uiterlijk van een dier en de prestaties, die we het fenotype noemen, is het resultaat van de erfelijke aanleg en de leefomgeving die ook wel het milieu genoemd wordt. In formulevorm: fenotype = genotype + milieu. De invloed van het milieu op het fenotype hangt sterk af van waar je naar kijkt. Bij vruchtbaarheid en ziekteweerstand is de invloed van het milieu heel groot. Kleur van huid en haar worden daarentegen vrijwel volledig door het genotype bepaald.
Korte termijn effecten van het milieu
Nogal wat hobbyfokkers gaan met hun dieren naar keuringen. Een keurmeester beoordeelt dan in hoeverre een dier overeenkomt met de rasstandaard. De rasstandaard beschrijft het ideale fenotype. Het is richtinggevend voor de fokkerij, het is het fokdoel. In veel organisaties en voor veel fokkers is het oordeel van de keurmeester doorslaggevend bij de vraag of een dier gebruikt kan worden voor de fokkerij. Een goede keurmeester probeert op het moment van keuren vanuit het fenotype het genotype af te leiden: hij of zij probeert te voorspellen hoe de nakomelingen eruit zullen zien, wat de fokwaarde van het dier is. Maar dat valt niet altijd mee.
Het ene dier heeft dag en nacht buiten gelopen en het andere wordt bij de eerste regendruppels binnengehaald. Het ene dier heeft van gras moeten leven en het andere is volop bijgevoerd met biks. Het ene dier heeft aan een ziekte geleden en het andere is op tijd gevaccineerd. Het komt nogal eens voor dat niet het dier met de beste erfelijke aanleg kampioen wordt, omdat het er op dat moment niet ideaal voorstaat. De winnaar wordt het dier dat er op de keuringsdag het mooiste uitziet, omdat het beter verzorgd of misschien wel opgepept is. Uiteraard is het aan de fokker om te bepalen hoe hij of zij het dier gaat gebruiken in de fokkerij. Naast de keuringsuitslag gebruikt hij ook informatie over (voor)ouders en nakomelingen. Op deze manier schat de fokker in hoe het dier vererft.
Haarkleur: geen invloed van milieu
Een kenmerk van een dier dat vrijwel ongevoelig is voor het milieu is de kleur van huid, haar of veren. Er zijn verschillende genen die de kleur, de verdeling van de kleur over het lichaam en de vorm en grootte van de witte vlekken bepalen. Het pigment van huid en haar bestaat uit het eiwit melanine dat in twee basisvormen kan voorkomen. De ene vorm leidt tot donkere kleuren: zwart, donkergrijs of chocoladebruin en de andere vorm tot lichte bruin- en roodtinten. Er is één gen dat de vorm van het melanine bepaalt. Meerdere loci (positie van een gen op een chromosoom) bepalen de dichtheid van het melanine. Vorm en dichtheid leiden samen tot een kleur. Bij geiten speelt bovendien het Agouti-gen een belangrijke rol, omdat het verantwoordelijk is voor de verdeling en de dichtheid van het melanine. Bij geiten komen maar liefst 21 verschillende kleurpatronen voor. Ook is het gen bekend dat de verschillende bontpatronen (8) veroorzaakt.
